对于员工迟到的问题，公司可按照其依法制定的规章制度和与员工签订的劳动合同来处理，可以对员工处罚款或者警告，但是公司罚款的数额不能超过员工当月工资的20%。
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。