蜜酒在贮存期间有可能变得混浊。这种变化可能是蜜酒中的蛋白质或其他物质自然分解的结果，也可能是蜜酒变坏或异常的一种现象。有许多种微生物能破坏蜂蜜酒或葡萄酒，其中有些微生物是以酒精、有些是以酒中残留的糖、或蛋白质或其他成分作为它们的营养源。蜜汁受到某些金属的污染也会造成损失。
破坏蜜酒的微生物一般有两个特性，即它们能耐受蜜酒中的酸，又能耐受酒精。酸和酒精这两者能保护蜜酒不受许多种破坏其他食品的普通细菌的破坏。的确，在人类了解发酵以及酸和酒的作用以前，许多人都知道密封在坛子或瓶子里的好葡萄洒或蜜酒，保存起来并没有什么困难。
确定使酒变坏是什么微生物引起的，即使在酿酒厂的化验室也是困难的。品尝是检验蜂蜜酒是否变坏的最好方法之一。个人的或小规模酿酒应该认识到可能发生问题，因此要强调注意卫生消毒，就是说，应当用清洁的容器、清洁的虹吸管、适合的发酵管等等。预防有害微生物的最好办法是正确应用二氧化硫。蜜酒的贮存也很重要，其中包括适当型号的瓶子、好的塞子和贮存在较低温度下。加上木塞子的酒瓶应斜着放置，以使酒接触木塞，避免塞子变干而收缩，使空气和微生物进入瓶内。酒短时间离开木塞没有什么关系，如果把带木塞的酒瓶放在货架上，经过几个星期或几个月，酒的特性就会有明显的变化。
蜂蜜酒败坏的主要原因是：由醋酸菌引起的醋酸发酵，由乳酸茵引起的苹果酸一乳酸发酵，金属或蛋白质造成的混浊。
(一)醋酸菌
对小规模酿酒来说，使酒变坏的最严重而且常见的是由醋酸菌(Acetobacter)引起的。这种细菌能把蜜酒里的酒精转变成醋酸或醋。这一过程一旦开始就不能反转了。这种变成了醋的蜜酒只能当醋用。
醋酸菌是一种好气菌，即它们生活和繁殖需要氧气.因此，没有充满容器的蜜酒比较容易受到醋酸菌的破坏。在主发酵时期，通常容器是不装满的。发酵完成时，必须把容器装满，或把新酒倒入较小的容器内，然盾密封好。
少量的二氧化硫就能阻止醋酸菌的生长。低酒度的蜜酒较易受醋酸菌的破坏，所以，在发酵初期合理地使用适量的二氧化硫特别重要。
(二)蜜酒里的丝状粘质
在摇晃酒瓶时，有些沉淀呈丝状粘质或线索状，出现这种现象，几乎可以肯定是受到了细菌的污染，这种酒必须扔掉。产生丝状粘质主要是由乳酸杆菌、明串珠菌(Leuconostoc)及小球菌(Pediococcus)造成的，它们能引起苹果酸一乳酸发酵(1ip将酒中的苹果酸经脱羧作用而形成乳酸)，它们也能利用各种糖类产生乳酸，结果使蜜酒的味道不正，具有一种乳酸味。
为了防止乳酸菌等的污染，除对用具和操作过程中进行消毒外，可采取下列方法来抑制苹果酸一乳酸发酵：(1)调节蜜汁酸度，将pH值调到3.3—3.5，(2)酿造过程中保持S02一定的浓度，(3)将贮酒温度控制在18。C以下。
(三)金属混浊和沉淀
某些金属，主要是铁和铜，其次是铝和锡，可能形成酒的混浊和祝淀。最好的防止措施是，在酿造蜜酒时不使用金属器皿和容器。用铝锅煮蜜汁，短时间与金属接触不会造成问题。如必须使用金属器皿，可以采用不锈钢制的。
在酿造蜜酒时，绝对不要应用含有铁锈的蜂蜜，也不要用铁锅煮沸蜜汁。
(四)蛋白质沉淀
酿造蜜酒还有一个问题是，蜜中含有的少量蛋白质可能沉淀，使蜜酒混浊。这种沉淀是细微的颗粒，与上述的丝状粘质截然不同，它对蜜酒的风味没有影响，只是使酒的外观不清澈透明。这种沉淀来源予所使用的蜂蜜，深色蜂蜜含有的蛋白质较多。
要使蛋白质混浊的蜜酒变清，可以采取以下四个基本方法;冷却、加热、过滤和净化。
1.过滤这是使酒变得清澈透明最好的办法，但是需要采用离心分离机、板式压滤机或微孔薄膜滤机等设备，只有酒厂能够采用。采用实验室用的减压过滤器耍特别小心，因为常会使过多的空气混入酒内。
2.冷却可以将混浊的新酒放入冰箱内，温度保持在0℃左右，经过1—2天，常能迫使酒中的蛋白质和洒石酸氢钾沉淀。
3.加热前面已经指出，把蜜汁煮沸10一30分钟，以消除蛋白质沉淀，这是一种传统作法。加酒花有助于防止蛋白质沉淀的出现，但是它的苦味对蜜酒的口味有副作用。
把成晶酒加热到巴氏灭菌温度，即60--62。C 3分钟，也能促使蛋白质沉淀，并增加酒的稳定性。然而，把散装酒直接加热是不可取的。在工业酒厂，是在密闭管道内使洒通过热交换器进行巴氏灭菌加热，或高温短时(98°C，几秒钟)加热的。小规模的，也可使酒通过浸在水浴锅内的蛇形管进行加热，这时必须保持酒液稳定的流速，以免加热过度。
4.净化常用的净化剂有;皂土(膨润土)、鱼胶、蛋白、明胶和干酪素。这些物质与酒液中的蛋白质、悬浮物以及有害微生物在内，一起结合在不溶于酒内的胶体上，沉淀下来，使酒液澄清。鱼胶是很好的净化剂，每10升酒用0.15—0.30克。使用前将鱼胶浸在冷水中24小时，滤除渣滓后，将鱼胶液慢慢加入酒中，缓慢地搅拌均匀，静置l一2天后，倒换容器，除去酒脚。
使用鸡蛋白作净化剂也可以。一个蛋白可净化50一100升蜜酒。在蛋白中加少量水和一点食盐，打成泡沫，加入酒中搅拌均匀，静置1—2天，然后将澄清的酒以虹吸法取出。
无论采用哪种净化剂，都应在20℃以下较低温度下使用。温度较高时，净化过程虽然可以加速，但对新酒的口味会有有害的影响。